Відділ медичної психології як структурний підрозділ Інституту був створений у 1995 році. Створення відділу стало логічним продовженням і розвитком медико-психологічного напрямку, який історично існував в Інституті. Вже до 1932 року у складі Української психоневрологічної академії існував самостійний сектор психології, який включав відділ загальної та генетичної психології і відділ клінічної психології. У той період в Інституті працювали такі всесвітньо відомі вчені-психологи, як О.Р. Лурія, О.М. Леонтьєв, О.В. Запорожець, Л.І. Божович, П.Я. Гальперін та ін. Саме тоді почала формуватися одна з провідних вітчизняних наукових шкіл, що отримала назву Харківської психологічної школи.